רב העיר הרה"ג רבי יוסף שיינין הגיע לבאר יעקב לניחום אבלים אצל הגאון רבי דוד שפירא שליט"א ר"י "באר יעקב" על פטירת אחיו הרב רפאל שפירא ז"ל בנו חביבו של ראש הישיבה ד"באר יעקב" הגאון רבי משה שמואל שפירא זצ"ל שנפטר לאחר יסורים רבים.
במהלך שיחתם העלו את זכרו של המנוח האח היקר רבי רפאל ז"ל שנקרא על שם סבו הגאון רבי רפאל שפירא זצ"ל ראש ישיבת וולוז'ין. בבחרותו זכה להיבחן אצל מרן הרב מבריסק הגרי"ז זצ"ל ולאחר מכן בישיבה גדולה קנה את תורתו בישיבת "באר יעקב" שם היה תלמיד חביב לאבא ורבותיו בישיבה, תמיד עבד את בוראו בשמחה והיה מאיר פנים לכל אדם.
היה תקופה בחוץ לארץ בלוס אנג'לס שם זכה להפיץ תורה ורבים השיב מעוון, כיבד את ה' מגרונו, בספרים של אבא זצ"ל הוא מוזכר ב'קונטרס הביאורים' כמה פעמים. "היה לו כיבוד אב ואם מיוחד ביותר, היה לשם דבר". המנוח לא השאיר אחריו זרע של קיימא, הציבור נקרא ללמוד לעילוי נשמת רבי רפאל בן רבי משה שמואל.
מרן רבינו ראש הישיבה שליטא קודש קודשים מי שלא זכה לראות ולהתברך מפי קודשו שירוץ
רח שא נס 20 קרית הישיבה באר יעקב