במצות מכונה ובמצות יד הנאפות במאפיות השונות, מפרישים מהן חלה כדין במאפיות.
אולם במצות יד הנאפות ב"חבורה" מיוחדת לשם הנהגות ודקדוקי הלכה מיוחדים בכל ההליך של אפיית המצות (קהילה וקהילה ומנהגיה הקדושים) מוטלת בדרך כלל חובת הפרשת החלה על בני החבורה.
מרן הראשון לציון הגאון רבי יצחק יוסף שליט"א העלה בשיעורו השבועי, כי הובאה על שולחנו שאלה דחופה באמצע ליל הסדר, מבני תורה שאפו את מצות היד ב"חבורה" עם כל דקדוקי ההלכה, אולם נשכח מאיתם להפריש חלה מהמצות – בעיה הלכתית חמורה בכשרות המצות, ובקיום מצוות אכילת מצה במצות אלו. אי לכך פרסם מרן הראשון לציון, וכן פוסקים ומורי הוראה נוספים, לבל ישכחו מצווה חשובה זו של הפרשת חלה במצות ה"חבורה".
יצויין, כי בשו"ע הל' פסח (סי' תנו-תנז) נאמרו פרטי הלכה רבים בדיני הפרשת חלה במצות. במצות הארוזות בניילון בחבילות קטנות, יש לעשות שאלת חכם בדין צירוף סל בשיעור המחייב את הפרשת החלה, ויש להיוועץ בענין עם מורה הוראה מוסמך.
